如何用DNAMAN 对比核酸序列
的有关信息介绍如下:在生物学的研究中,有一个常用的方法,就是通过比较分析获取有用的信息和知识。想当年,达尔文爷爷正是研究比较了达尔文雀(galapagos finches)同其它一些物种的形态学特征,从而提出了自然选择学说。
在科技飞速发展的今天,对两个物种进行全基因组序列比较已经不再是一个梦想。达尔文爷爷泉下有知,一定会喜极而泣!
介绍如何使用DNAMAN 8作核酸多序列比对。
下载好 DNAMAN 8 的软件
并打开
:第一栏为主菜单栏,除了帮助菜单外,有十个常用主菜单;第二栏为工具栏;第三栏为浏览器栏。
打开File-New,将序列粘贴到弹出的窗口中,点击File-save,保存到指定的文件夹。
将所需比对的序列保存好以后,选中Sequence—Aligment—Multiple aligment sequence进行多序列比较。
在弹出的窗口Sequence&Files中加载序列,File、Fold、channel、Database分别表示从文件、文件夹、channel和数据库中获取序列。勾选窗口中的“DNA”,点击“下一步”。
在弹出的窗口Method中,“optimalaligment”最佳比对方式中有四个高大上的选项:Full Alignment(完全比对)、 Prosile Aligment(轮廓比对)、 New Swquence on Profile (轮廓上的新序列)、Fast Alignment(快速比对),本文选择了Fast Alignment,并且勾选了Try both strands(尝试使用双链)。其他项目不需修改,默认就OK,点击“下一步”。
“Duang”,结果就出来啦!点击“Option”可以选择要显示的内容。
保存:
点击File-output-Graphic(EMF)File,该序列比对的结果窗口可以图片格式保存。
做 进化树 分析
并保存 !!完成啦